USA, en torno a mil novecientos sesenta y tres. Es la Guerra Fría y la carrera militar y espacial está en su punto más culminante. La solitaria Elisa (Sally Hawkins) es una empleada de la limpieza que trabaja en un escondo laboratorio en unas instalaciones de alta seguridad del gobierno. Atrapada en una vida llena de silencio y aislamiento, su vida cambia por completo al descubrir así como su compañera Zelda (Octavia Spencer) un experimento clasificado como secreto. Se trata de un ser enigmático: un hombre-pez único, una genuina anomalía natural, que vive encerrado y es víctima de distintos ensayos. Elisa comienza entonces a sentir simpatía por este extraño ser y se establece una fuerte conexión entre los dos. Mas el planeta real no es un sitio seguro para un hombre de estas peculiaridades.
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